از مهمترين آثاري که در موزه دريانوردي استان بوشهر به معرض نمايش عموم گذاشته شده کشتي پرسپوليس است،کشتي که عنوان "نخستين ناو جنگي ايران در خليج فارس" را از آن خود کرده است.

موقعيت استراتژيک بندر بوشهر سبب شد تا ناصرالدين شاه قاجار به خريد نخستين ناو جنگي ايران از آلمان و استقرار آن در اين بندر اقدام کند؛ وي صنيع‌الدوله را مأمور اين کار کرد.

کشتي پرسپوليس درسال 1855 ميلادي مقارن با 1301 هجري قمري با ظرفيت 600 تن، قدرت موتور 450 اسب بخار، نيروي محرکه بخار، پوشش فولادي و سرعت 10 گره دريايي در بندر برمن هاون آلمان ساخته شد و در سال 1885ميلادي(1303 هجري قمري)مقدمات انتقال آن به بندر بوشهر فراهم شد.

هدف اصلي از خريد کشتي پرسپوليس برقراري امنيت در کرانه‌هاي شمالي خليج‌فارس و مقابله با شورشگران و دزدان دريايي بود و به همين منظور کشتي مذکور مجهز به 4 توپ کروپ هفتاد ميليمتري، 2 توپ برنجي جهت مراسم و تشريفات و 40 تفنگ موزر و شمشيرهاي کوتاه بود. در جبّاخانه آن مقداري فشنگ و مهمات نگهداري مي‌شد.

در آغاز کارکنان و خدمه کشتي پرسپوليس تعدادي از صاحب منصبان نيروي دريايي آلمان بودند. روزنامه مظفري مي‌نويسد: اولين رئيس ايراني اين کشتي احمدخان دريابيگي بود که رؤساي قشون و از ملي شاگردان پياده‌نظام مدرسه دارالفنون به شمار مي‌رفت و به دليل لياقتي که از خود ابراز داشته‌ بود، به رياست کشتي پرسپوليس منصوب شد.

امور مکانيکي کشتي به عهده فردي آلماني به نام آندروس بود. آندروس به مدت شانزده سال اين مسئوليت را عهده‌دار بود. بعد از احمدخان دريابيگي براي مدتي رياست کشتي به سالار معظم حکمران کل بنادر و در نهايت به متين‌السلطنه نايب اول گمرکات بنادر خليج‌فارس واگذار گرديد.

نخستين ناخداي ايراني کشتي پرسپوليس ناخدا ابراهيم‌دريايي و سپس ناخدا عباس دريانورد از نوحه سرايان و نوحه خوانان برجسته بوشهري بود.

به دليل وجود تعميرگاه در سواحل ايران، سالي يکبار کشتي پرسپوليس براي تعميرات سيستم ماشين بخار و خزه دريايي به بندر بمبئي هند فرستاده مي‌شد که مخارج سنگين نود هزار روپيه‌اي آن موجب شد به دستور پادشاه وقت تعميرات کشتي در ساحل بوشهر انجام شود.

به اين ترتيب کشتي پرسپوليس مدت‌‌ها در بوشهر متوقف و هنگامي که براي خزه‌زدايي و رنگ‌آميزي به جزيره عباسک انتقال يافت به دليل عدم امکانات و با توجه به هزينه سنگين آن اين کشتي تاريخي براي سال‌ها به گل نشست.

در آبان ماه سال 1385 خورشيدي با همت اداره کل ميراث‌فرهنگي، صنايع‌دستي و گردشگري و منطقه دوم دريايي بوشهر کشتي پرسپوليس که روزگار از پادشاهي احمدشاه قاجار در جزيره عباسک به گل نشسته بود از زير آب بيرون آورده شد و با توجه به وزن سنگين آن با تکنولوژي خاصي به موزه دريا و دريانوردي منطقه دوم دريايي بوشهر انتقال و در معرض ديد عموم قرار داده شد.

موزه دريا و دريانوري بوشهر

فاز نخست موزه دريا و دريانوردي بوشهر در سال 87 به همت اداره کل ميراث‌فرهنگي، صنايع‌دستي و گردشگري استان بوشهر گشايش يافت. براي اجراي فاز نخست اين موزه که از مصوبات دور اول سفر رييس جمهوري و هيات دولت در بهمن ماه سال 84 به استان بوشهر است، 12 ميليارد ريال هزينه شد. فاز نخست اين موزه شامل سه هزار مترمربع محوطه‌سازي و 700مترمربع عمارت کلاه فرنگي است.

در محوطه موزه 40 قطعه ادوات سطحي و زيرسطحي جنگي دريايي متعلق به دوره‌هاي مختلف تاريخي از جمله قاجار و کشتي پرسپوليس نگهداري مي‌شود. در عمارت کلاه‌فرنگي نيز برخي اسناد قديمي و نقشه‌هاي دريايي مرتبط با جنگ و خليج فارس نيز نگهداري مي‌شود.

موزه دريا و دريانوردي در دو فاز پيش‌بيني شده است که فاز دوم آن شامل 10هزار مترمربع فضاسازي، چهار هزار متر ويترين آرايي موزه‌اي در فضاي باز، ساختمان اصلي موزه و فضاهاي جنبي شامل پژوهشکده، فضاهاي خدماتي و اقامتي است.